エピゲノムの網羅的解析

あらゆるエピゲノム解析に関する研究計画立案からデータ取得までをサポート

本サービスでは、次世代シーケンス(NGS)解析でエピゲノム情報を取得することが求められる大学、医療機関の研究、企業の研究開発において、研究プランの設計段階から関わり、データ取得するところまでをサポートいたします。

NGS解析では取得したいデータを目的にあわせて具体的に設定し、それに向けて研究計画を組むことが、決められた予算、プロジェクト期間の中で、パフォーマンスを最大限引き出すために重要です。そのため、経験豊富な研究員によるサポートは欠かせません。本サービスでは、専門の研究機関において次世代シーケンサー(NGS)を用いたゲノム・エピゲノム研究プロジェクトを主導してきた解析スタッフを擁する株式会社Rhelixaと提携することで、エピゲノム研究を加速させます。


データ精度評価から細胞内現象とシーケンス結果の関連性評価まで一括して行なうゲノム・エピゲノム解析

シーケンスリードの濃縮領域を特定するデータ解析と、特定された領域と細胞機能の関係性分析、さらには可視化までをひとつのプロジェクトで一括して行なうことができます。
例えば、Illumina Hiseq2500でChIP-seqの解析を行なった場合には、下記のような注意ポイントがあります。こうした注意点に配慮しながら、お客様にあったプロジェクトの計画をご提案いたします。

ベースコール

シーケンスの際にCCDカメラで取得した特定蛍光画像をもとに、塩基配列を決定します。この時の蛍光画像データから、シーケンス反応の質、作製したライブラリの質を判断することができます。質を判断することで、あとに続く解析の善し悪しが変わってきます。

マッピング

参照ゲノムに対して、塩基配列の決定されたシーケンスリードをマッピングします。このとき、配列のミスマッチをどこまで許容するかなど、データの最適なセッティングを求められるケースがあり、見極めには経験が必要です。

ピークコール

マッピングされたシーケンスリードの濃縮領域を特定します。このとき、実験手技や対象とする制御因子の性質によって、得られるNGSデータの適切なピークコールの方法が異なるため、見極めが必要です。

結合モチーフ解析

転写因子の結合配列のパターンがわかります。結合モチーフを特定するアルゴリズムには、大きく分けて①データより0から予測する方法、②既知のモチーフを検索する方法の2パターンがあり、目的に応じてその使い分けが必要です。

遺伝子発現データとの統合解析

遺伝子発現データと比較することで、ゲノム・エピゲノム領域ごとの機能を絞り込むことができます。ただし、特定の遺伝子と制御領域の位置関係が多様な上、複数の領域から制御を受けているケースもあるため、対応関係を見極めるには経験が求められます。

共局在解析

複数の転写因子が協調して遺伝子発現を制御している場合があり、NGSのデータからメカニズムを読み解くことができます。このとき、お互いが直接的に作用しているか、間接的に作用しているかで認識機構が異なる場合もあるため、データの見極めには経験が必要となります。


多様な実験手法に対応しながら受託内容をカスタマイズ

表1に本サービスでの代表的な解析例(主にヒトおよびマウスに対応)まとめました。ここにある解析以外にも必要な解析があればその目的にあわせて可視化したデータを追加してお出しします。特に、エピゲノムと遺伝子発現パターンの関連性など高次解析のサポートは、本サービスが強みとするところです。エピゲノムに関する一連の解析フェーズで求められるデータの質について熟知したスタッフがお客様とディスカッションさせていただき、その上で受託内容を決定いたします。サンプル調製にも通じているため、プロジェクトの初期段階からサポートさせていただく場合は、実験手法のノウハウを共有させていただくところからご一緒できます。

まずはお問合せ下さい。

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細胞機能に重要な転写制御因子とその役割を特定したい

実験手法 実験概要 受託解析内容
ChIP-seq for transcription factor 転写制御因子の結合領域をゲノムワイドに特定 転写制御因子の結合領域、TSS周り・ゲノムワイドな結合領域分布、共局在因子、結合モチーフ(認識配列)、ターゲット遺伝子の予測・特定
ChIP-seq for histone modification (H3K4me1, H3K4me3, H3K27ac, H3K27me3, H3K36me3, etc.) 特定のヒストン修飾にあたる領域をゲノムワイドに特定 ヒストン修飾領域、TSS周り・ゲノムワイドな領域分布、ヒストン修飾に関わる転写制御因子の結合モチーフ(認識配列)の予測・特定、公共データとの比較
FAIRE-seq オープンクロマチン領域の特定 (音波破砕によるDNA断片化) オープンクロマチン領域、TSS周り・ゲノムワイドな領域分布、オープンクロマチンに関わる転写制御因子の結合モチーフ(認識配列)の予測・特定、公共データとの比較
DNase-seq ゲノムワイドなオープンクロマチン領域の特定 (DNase IによるDNA断片化) FAIRE-seqに加え1bp単位で転写制御因子の結合領域を特定する「フットプリント解析」が可能
ATAC-seq ゲノムワイドなオープンクロマチン領域の特定 (Tn5 TransposaseによるDNA断片化) FAIRE-seqに加え1bp単位で転写制御因子の結合領域を特定する「フットプリント解析」が可能
転写制御因子の結合領域を調べるための実験フロー
転写制御因子の結合領域を調べるための実験フロー

ゲノムワイドなメチル化パターンを特定したい

実験手法 実験概要 受託解析内容
MBD-seq ゲノムワイドなDNAメチル化領域の特定 DNAメチル化領域、TSS周り・ゲノムワイドな領域分布、メチル化変化パターンの特定、遺伝子発現との統合解析、公共データとの比較
Illumina 450K array ゲノムワイドなDNAメチル化領域の特定 (マイクロアレイを使用) 特定のCpG領域に特化したDNAメチル化、メチル化変化パターンの特定、遺伝子発現との統合解析、公共データとの比較
Bisulfite Sequencing バイサルファイト処理による1bp単位でのゲノムワイドDNAメチル化領域の特定 1bp単位でのDNAメチル化変化パターンの予測、CpG領域の詳細分類

その他の解析データとエピゲノム解析データをあわせた高次解析をしたい

実験手法 実験概要 受託解析内容
  • mRNA-seq
  • mRNA Expression Array
  • microRNA Expression Array
  • Exome Sequencing
  • SNP array
  • 全遺伝子の網羅的な発現量の定量化 (lincRNA等も含む)
  • 全遺伝子の網羅的な発現量の定量化 (マイクロアレイを使用)
  • マイクロアレイを用いたmicroRNAの網羅的な発現量の定量化
  • 特定の集団が持つゲノム変異をゲノムワイドに特定
  • 特定の集団が持つゲノム変異を特定 (マイクロアレイを使用)
目的にあわせて内容をカスタマイズいたします。まずはご相談ください。

価格

まずはお客様のデータに関してじっくりお話しを聞かせていただき、その上で解析プランをご提案させていただきます。ご相談は無料です。お問い合わせください。

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